سيستم مديريت كيفيت در شركت ايسيكو مسئوليت استقرار، نظارت، ارزيابي، مميزي مدل هاي سيستم هاي مديريتي و كيفيتي را مطابق با استانداردهاي مربوطه برعهده دارد. با بكارگيري سيستم مديريت كيفيت كه از سال ۸۵ در شركت ايسيكو جاري سازي آن آغاز شد كليه مستندات از قبيل : مستندات درون سازماني، الزامات قانوني و قراردادي، مستندات برون سازماني و الزامات مشتريان در قالب نظامنامه و اهداف كيفيت، خط مشي كيفيت، آئين نامه ها، دستورالعمل ها، فرآيندها و ساير به صورت نظام مند و مكتوب تهيه و تدوين گرديد.

در راستاي ارتقاء و بهبود مستمر فعاليت ها و فرآيندها، شركت ايسيكو به استقرار و پياده سازي الزامات سيستم مديريت كيفيت تحت استاندارد ايزو ۹۰۰۱ پرداخت. در همين راستا و با توجه به حجم و گستردگي فعاليت ها و فرآيندها و اجراي صحيح ماموريت هاي اصلي شركت، استاندارد ايزو ۹۰۰۱ اولين بار در سال ۸۶ و تحت ويرايش ۲۰۰۰ در شركت ايسيكو استقرار يافت. سپس در سال ۸۸ همزمان با انتشار ويرايش ۲۰۰۸ استاندارد، شركت ايسيكو به عنوان اولين شركت هاي درخواست كننده در سطح كشور، موفق به اخذ گواهينامه استاندارد ۹۰۰۱ ويرايش ۲۰۰۸ گرديد.