سیستم مدیریت کیفیت در شرکت ایسیکو مسئولیت استقرار، نظارت، ارزیابی، ممیزی مدل‌های سیستم‌های مدیریتی و کیفیتی را مطابق با استانداردهای مربوطه برعهده دارد. با به‌کارگیری سیستم مدیریت کیفیت که از سال ۸۵ در شرکت ایسیکو جاری سازی آن آغاز شد کلیه مستندات از قبیل : مستندات درون سازمانی، الزامات قانونی و قراردادی، مستندات برون سازمانی و الزامات مشتریان در قالب نظام‌نامه و اهداف کیفیت، خط مشی کیفیت، آئین نامه‌ها، دستورالعمل‌ها، فرآیندها و سایر به صورت نظام‌مند و مکتوب تهیه و تدوین گردید.
در راستای ارتقاء و بهبود مستمر فعالیت‌ها و فرآیندها، شرکت ایسیکو به استقرار و پیاده سازی الزامات سیستم مدیریت کیفیت تحت استاندارد ایزو ۹۰۰۱ پرداخت. در همین راستا و با توجه به حجم و گستردگی فعالیت‌ها و فرآیندها و اجرای صحیح ماموریت‌های اصلی شرکت، استاندارد ایزو ۹۰۰۱ اولین بار در سال ۸۶ و تحت ویرایش ۲۰۰۰ در شرکت ایسیکو استقرار یافت. سپس در سال ۸۸ همزمان با انتشار ویرایش ۲۰۰۸ استاندارد، شرکت ایسیکو به عنوان یکی از اولین شرکت‌های درخواست کننده در سطح کشور، موفق به اخذ گواهینامه استاندارد ۹۰۰۱ ویرایش ۲۰۰۸ گردید. هر ساله به‌منظور اطمینان از برآورده‌سازی الزامات استاندارد و همچنین اجرای موثر فرآیندها، ممیزی‌های داخلی و بیرونی در شرکت ایسیکو اجراء می‌شود تا از کفایت اجرای موثر فرآیندها اطمینان حاصل شود.